FastQCFastQC Report
Wed 30 Nov 2022
4061-JW37trimR_R1.fq

Summary

[OK]Basic Statistics

MeasureValue
Filename4061-JW37trimR_R1.fq
File typeConventional base calls
EncodingSanger / Illumina 1.9
Total Sequences96
Sequences flagged as poor quality0
Sequence length234
%GC44

[OK]Per base sequence quality

Per base quality graph

[FAIL]Per tile sequence quality

Per tile quality graph

[WARN]Per sequence quality scores

Per Sequence quality graph

[FAIL]Per base sequence content

Per base sequence content

[FAIL]Per sequence GC content

Per sequence GC content graph

[OK]Per base N content

N content graph

[OK]Sequence Length Distribution

Sequence length distribution

[OK]Sequence Duplication Levels

Duplication level graph

[FAIL]Overrepresented sequences

SequenceCountPercentagePossible Source
CCCTTGTAGTCCTGTCTCTTATACACATCTCCGAGCCCACGAGACGCTTA66.25No Hit
CCCTAGTAGTCCTGTCTCTTATACACATCTCCGAGCCCACGAGACGCTTA44.166666666666666No Hit
CCCGAGTAGTCCTGTCTCTTATACACATCTCCGAGCCCACGAGACGCTTA44.166666666666666No Hit
CCCTGGTAGTCCTGTCTCTTATACACATCTCCGAGCCCACGAGACGCTTA33.125No Hit
CCCCAGTAGTCCTGTCTCTTATACACATCTCCGAGCCCACGAGACGCTTA33.125No Hit
CCCGGGTAGTCCTGTCTCTTATACACATCTCCGAGCCCACGAGACGCTTA33.125No Hit
CCCGCGTAGTCCTGTCTCTTATACACATCTCCGAGCCCACGAGACGCTTA33.125No Hit
CCCGTGTAGTCCTGTCTCTTATACACATCTCCGCGCCCACGAGACGCTTA22.083333333333333No Hit
ATACCCGAGTAGTCCTGTCTCTTATACACATCTCCGAGCCCACGAGACGC22.083333333333333No Hit
ATCGGAAGAGCGTCGTGTAGGGAAAGAGTGTTAGAAACCCGCGTAGTCCT22.083333333333333Illumina Single End PCR Primer 1 (96% over 31bp)
CCCCGGTAGTCCTGTCTCTTATACACATCTCCGAGCCCACGAGACGCTTA22.083333333333333No Hit
CCCTCGTAGTCCTGTCTCTTATACACATCTCCGAGCCCACGAGACGCTTA22.083333333333333No Hit
GGATTATTTTAGAAACCCTTGTAGTCCTGTCTCTTATACACATCTCCGAG22.083333333333333No Hit
GGATTATTAGAAACCCGAGTAGTCCTGTCTCTTATACACATCTCCGAGCC22.083333333333333No Hit
GGATTATTAGAAACCCTAGTAGTCCTGTCTCTTATACACATCTCCGAGCC11.0416666666666665No Hit
AATGGAGATCTTAGATACCCGAGTAGTCCTGTCTCTTATACACATCTCCG11.0416666666666665No Hit
TTAGAAACCCTAGTAGTCCTGTCTCTTATACACATCTCCGAGCCCACGAG11.0416666666666665No Hit
ACCCGGGTAGTCCTGTCTCTTATACACATCTCCGAGCCCACGAGACGCTT11.0416666666666665No Hit
CCAATAGATCGGAAGAGCGTCGTGTAGGGAAAGAGTGTTTAGATACCCGC11.0416666666666665Illumina Single End PCR Primer 1 (96% over 33bp)
TGCGGAATTTTGCGCATTGGGGCTAACCGTTACGCATCTAGACCGGTTTC11.0416666666666665No Hit
TTAGATACCCGTGTAGTCCTGTCTCTTATACACATCTCCGAGCCCCCGAG11.0416666666666665No Hit
GGATTATTTAGAAACCCGAGTAGTCCTGTTGCTTATACACATCTCCGAGC11.0416666666666665No Hit
AATGGAGATCTTAGATACCCTTGTAGTCCTGTCTCTTATACACATCTCCG11.0416666666666665No Hit
AATAACGAAAGCAAATTCGCCAGAATCCCGTGTAGTCCTGTCTCTTATAC11.0416666666666665No Hit
TTAGAAACCCTGCGCGACCTGTCTCTTCTTCACATCTCCACGCCCCCGGG11.0416666666666665No Hit
CACAGAATATTTGTCAATTATCCACAGCCCGAAGCAGACAAGCCGCGTGC11.0416666666666665No Hit
CCCGGTAGTTCTGTCTCTTATACACATCTTCGAGCCCACGAGACGCTTAC11.0416666666666665No Hit
TCCGGAATCCTGTCTCTTATACACATCTCCGACCCCGCAAGACGGTTACC11.0416666666666665No Hit
TGAGGAATATTGCGCAATGGGCGAAAGCCTGACGCAGCAACGCCGCGTGG11.0416666666666665No Hit
ATCGGAAGAGCGTCGTGTTAGAAACCCGAGTAGTCCTGTCTCTTATACAC11.0416666666666665No Hit
AAACCCGAGTAGTCCTGTCTCTTATACACATCTCCGAGCCCACGAGACGC11.0416666666666665No Hit
AAACCCGTGTAGCCCTGTCTCTCATGCTCATCTCCGAGCCCACGGGACGC11.0416666666666665No Hit
CCCGGGAAGTCCTGTCTCTTATACACATCTCCGGGCCCACGAGACGCTTA11.0416666666666665No Hit
TCGACACTGTTCGGCATTGAGCGTAAGCGTGACCCAGCTACGCCGCGTGC11.0416666666666665No Hit
GGATTATTTAGAAACCCCTGTAGTCCTGTCTCTTATACACATCTCCGAGC11.0416666666666665No Hit
CTTATACACATCTCCGAGCCCACGAGACGCTTACCCAGCTCGTATGCCGT11.0416666666666665No Hit
CCCGCGTAGTCCTGTCTCTTATACACATCTCCGCGCCCACGAGACGCTTA11.0416666666666665No Hit
TCAGCGCCGTGGCCAATGGGGTCTAGATTTAATGCATGTACATCGCGTGC11.0416666666666665No Hit
TCCGCGATTTTCACCATTGGGCGTAGGCCTGACCGGTCTCCACTGCTCCC11.0416666666666665No Hit
GGATTATTTAGATACCCTCGTAGTCCTGTCTCTTATACACATCTCCGAGC11.0416666666666665No Hit
TCCATAGGCTGTCTCTTATCACATTAGAAACCCTAGTAGTCCTGTCTCTT11.0416666666666665No Hit
GGATTATTTAGAAACCCGGGTAGTCCTGTCTCTTATACACATCTCCGAGC11.0416666666666665No Hit
TCCGGACCATTGCCCAATGGGCGAAAACCTGAGGCAGCTACGCCAGTTGG11.0416666666666665No Hit
TGCGGGCTATTACGCAATGGGCCAAGGCCTGGGAGAGGACGACCGCTTCG11.0416666666666665No Hit
TTAGAAACCCGGGTAGTCCTGTCTCTTATACACATCTCCGAGCCCACGAG11.0416666666666665No Hit
AGATACCCCTGTAGTCCTGTCTCTTATACACATCTCCGAGCCCACGAGAC11.0416666666666665No Hit
ACATTTAGATACCCCTGTAGTCCTGTCTCTTATACACATCTCCGAGCCCA11.0416666666666665No Hit
AAGCAAGCCCTTAGATACCCGAGAAGTCCTGTCTCTTATACACATCTCCG11.0416666666666665No Hit
GGATTATTTAGATACCCCGGTAGTCCTGTCTCTTATACACATCTCCGACC11.0416666666666665No Hit
CCCGAGTAGTCCTGTCTCTTATATACATGTTCGAGCTCACGAGACGCTTA11.0416666666666665No Hit
AAACAAGATCGGAAGAGCGTCGTGTAGGGAAAGAGTGTTTAGAAACCCCT11.0416666666666665Illumina Single End PCR Primer 1 (96% over 33bp)
GGATTATTTAGAAACCCGAGTAGTCCTGTCTCTTATACACATCTCCGAGC11.0416666666666665No Hit
AGTAGATACCCGCGGATGCCTGTCACTTGTACGCATTATCGAGCCCTCGA11.0416666666666665No Hit
CAACCCTCGTAGTCCTGTCTCTTATACACATCTCCGAGCCCACGAGACGC11.0416666666666665No Hit
CACCTGTAGTCCTGTCTCTTATACACATCTCCGGGCCCACGAGACGCTTA11.0416666666666665No Hit
CCCGTGTAGTCCTGTCTCTTATACACATCTCCGAGCCCACGAGACGCTTA11.0416666666666665No Hit
CGTCGGCAGCGTCAGATGTGTATTAGAAACCCGAGTAGTCCTGTCTCTTA11.0416666666666665No Hit
CCGAGTAGTCCAGTCTCGTATACACATCTTCGGGCCTACGAGTCGCTTAC11.0416666666666665No Hit
TATCATTTTAGAAACCCGCGTAGTCCTGTCTCTTATACACATCTCCGAGC11.0416666666666665No Hit
TCCGGACTATTGCGCATTGGGCCAAAGCCTGACGCAGCAACGCCGCGCGG11.0416666666666665No Hit
CCCCCGTAGTCCTGTCTCTTATACACATCTCCGAGCCCACGAGACGCTTA11.0416666666666665No Hit
GTGTATTAGAAACCCTTGTAGTCCTGTCTCTTATACACATCTCCGAGCCC11.0416666666666665No Hit
CCCGAGTAGTCCTGTCTCTTATACATATCTCCGAGCCCACGAGACGCTTA11.0416666666666665No Hit
AAACCCTGGTAGTCCTGTCTCTTATACACATCTCCGAGCCCACGAGACGC11.0416666666666665No Hit
AAACCCCGGTAGTCCTGTCTCTTATACACATCTCCGAGCCCACGAGACGC11.0416666666666665No Hit
CCCGCGTAGTCCTGTCTCTTATACACATCTCCGAGCCCACAAGACGCTTA11.0416666666666665No Hit
GGATTATTTAGATACCCCAGTAGTCCTGTCTCTTATACACATCTCCGAGC11.0416666666666665No Hit
CCCCTGTAGTCCTGTCTCTTATACACATCTCCGAGCCCACGAGACGCTTA11.0416666666666665No Hit
TTAGATACCCTCGTAGTCCTGTCTCTTATACACATCTCCGAGCCCACGAG11.0416666666666665No Hit
CCAGTAGTCTTGTGTCTTATACACATCTCCGACCCCACGAGGCGCTTACC11.0416666666666665No Hit

[FAIL]Adapter Content

Adapter graph

[FAIL]Kmer Content

Kmer graph

SequenceCountPValueObs/Exp MaxMax Obs/Exp Position
CCCGGGT50.0228.01
GGGTAGT50.0228.04
TAGTCCT50.0228.07
CGGGTAG50.0228.03
GTCCTGT50.0228.09
GGTAGTC50.0228.05
CCGGGTA50.0228.02
AGTCCTG50.0228.08
GTAGTCC50.0228.06
Produced by FastQC (version 0.11.9)