FastQCFastQC Report
Wed 30 Nov 2022
4061-JW37trimR_R2.fq

Summary

[OK]Basic Statistics

MeasureValue
Filename4061-JW37trimR_R2.fq
File typeConventional base calls
EncodingSanger / Illumina 1.9
Total Sequences96
Sequences flagged as poor quality0
Sequence length232
%GC47

[OK]Per base sequence quality

Per base quality graph

[FAIL]Per tile sequence quality

Per tile quality graph

[WARN]Per sequence quality scores

Per Sequence quality graph

[FAIL]Per base sequence content

Per base sequence content

[FAIL]Per sequence GC content

Per sequence GC content graph

[OK]Per base N content

N content graph

[OK]Sequence Length Distribution

Sequence length distribution

[OK]Sequence Duplication Levels

Duplication level graph

[FAIL]Overrepresented sequences

SequenceCountPercentagePossible Source
CTCCATAGGCTGTCTCTTATACACATCTGACGCTGCCGACGAATATGGAG66.25No Hit
TTCCATAGGCTGTCTCTTATACACATCTGACGCTGCCGACGAATATGGAG44.166666666666666No Hit
ATCCATAGGCTGTCTCTTATACACATCTGACGCTGCCGACGAATATGGAG44.166666666666666No Hit
TTCCGTAGGCTGTCTCTTATACACATCTGACGCTGCCGACGAATATGGAG33.125No Hit
ATCCGTAGGCTGTCTCTTATACACATCTGACGCTGCCGACGAATATGGAG33.125No Hit
CCCCATAGGCTGTCTCTTATACACATCTGACGCTGCCGACGAATATGGAG33.125No Hit
ACCCGTAGGCTGTCTCTTATACACATCTGACGCTGCCGACGAATATGGAG33.125No Hit
TCCCATAGGCTGTCTCTTATACACATCTGACGCTGCCGACGAATATGGAG33.125No Hit
GCCCATAGGCTGTCTCTTATACACATCTGACGCTGCCGACGAATATGGAG22.083333333333333No Hit
GCGTTCCATAGGCTGTCTCTTATACACATCTGACGCTGCCGACGAATATG22.083333333333333No Hit
CTCCGTAGGCTGTCTCTTATACACATCTGACGCTGCCGACGAATATGGAG22.083333333333333No Hit
GTCCGTAGGCTGTCTCTTATACACATCTGACGCTGCCGACGAATATGGAG22.083333333333333No Hit
TCCCGTAGGCTGTCTCTTATACACATCTGACGCTGCCGACGAATATGGAG11.0416666666666665No Hit
GCCATCCATAGGCTGTCTCTTATACACATCTGACGCTGCCGACGAATATG11.0416666666666665No Hit
ATCTCCATTTTGCTGCGATCCATAGGCTGTCTCTTATACACATCTGGCGC11.0416666666666665No Hit
GCAGTCCATAGGCTGTCTCTTATACACATCTGACGCTGCCGACGAATATG11.0416666666666665No Hit
CCTGCCTGCTCCCCTCGCTTTCGTGCTTGAGCGTCACTTTTTGACCAGAA11.0416666666666665No Hit
CCTGCCCGCTCCCCTAGCTCTCGCATTTCATCGTCATGCAATATCCAGCA11.0416666666666665No Hit
TTCCATAGGCTGTCTCTTATACACATCTGAAGCTGCCGACGAATATGGAG11.0416666666666665No Hit
TAATCCATGCTGCCCTCCGTAGGCTGTCTCTTATACACATCTGACGCTGC11.0416666666666665No Hit
CCTATTTGATCCCCACGCTTTCGATCCTAAGCTTCTGTTGTATCTGGGTA11.0416666666666665No Hit
CCTCCATAGGCTGTCTCTTATACACATCTGACGCTGCCGACGAATATGGA11.0416666666666665No Hit
ATAATCCATGCAGCCTCACGTAGGCTGTCTCTTATACACATCTGACGCTG11.0416666666666665No Hit
AATCCATGCAGCACTCCGTAGGCTGTCTCTTATACACATCTGACGCTGCC11.0416666666666665No Hit
ATGATACGGCGACCACCCATAGGCTGTCTCTTATACACATCTGACGCTGC11.0416666666666665No Hit
CACTCTTTCCCTACACGACGCTCTTCCGATCTTGTTTATGCAGCCTCCCA11.0416666666666665Illumina Single End PCR Primer 1 (100% over 32bp)
CTGCATTCCATAGGCTGTCTCTTATACACATCTGACGCTGCCGACGAATA11.0416666666666665No Hit
GCCCCCCGTAGGCTGTCTCTTATACACATCTGACGCTGCCGACGAATATG11.0416666666666665No Hit
CCTTCTTGCTCCCCCTGCTTTCGCGCTTCAGCTTCATTAAACAGCCAGCC11.0416666666666665No Hit
GCACTCCATAGGCTGTCTCTTGTACACATCTGACGCTGCCGACGAATATG11.0416666666666665No Hit
ACTCTTTCCCTACACGACGCTCTTCCGATCTGCAGCGACCCATATGCTGT11.0416666666666665Illumina Single End PCR Primer 1 (100% over 31bp)
TAATCCATGCTGCGGTCCGTAGGCTGTCTCTTATACACATCTGACGCTGC11.0416666666666665No Hit
CCTGCTTGCTGCCCCCCCTCTCGCCACTAAGCGTCCGGTCCTGTCCAGAA11.0416666666666665No Hit
TAATCCATGCAGCCTCCCATCGGCTGTCTCTTATACACATCTGACGTTGC11.0416666666666665No Hit
TCCGTCGGCTGTCTCTTATACACATCTGACGCTGCCGACAAATATGGAGG11.0416666666666665No Hit
ACGACGCTCTTCCGATCTGCAGCCGTCCATAGGCTGTCTCTTATACACAT11.0416666666666665No Hit
CTCCATAGCCTGTCTCTTATACACATCTGACGCTGCGGACGAGTATGGAG11.0416666666666665No Hit
TAAGCCATGCAGCCATCCATAGGCGGTTTCTTATACACATCTGACGCTGC11.0416666666666665No Hit
GTGATAAGAGACAGCCTATGGACTGCAGCGCTCCGTAGGCTGTCTCTTAT11.0416666666666665No Hit
GCGGCTATCTCCACGGGCTTCCGTTTCCGGGAGTTACATGGTGATCTGAA11.0416666666666665No Hit
CCAGATGCTGTCTCTTGTACTCGTCTCACAGTGCCGACGAATGTCCAGTT11.0416666666666665No Hit
ACACATCTGACGCTGCCGACGAATATGGAGGTGTAGGTTTCCGGGGAGGG11.0416666666666665No Hit
TAATCCATGCAGCCGCCCGTAGGCTGTCTCTTATACACATCTGACGCTGC11.0416666666666665No Hit
CCGCTCCGTAGGCTGCGTCTTATACACATATGGCGCTGTCGCCGAATAAG11.0416666666666665No Hit
GAATTTGCTTTCGTTATTGCACTGCCGTCCATAGGCTGTCTCTTATACAC11.0416666666666665No Hit
CCGTAGCGGCCCATCGGCTGTCTCTTATACATATCTGACGCTGTCGACGA11.0416666666666665No Hit
CCTTCCCGAACGCCACGCTTTTGCGCCTGAGTGACAGTTCTCGACCAGCC11.0416666666666665No Hit
TAATCCATGCAGCCTTCCATAGGCTGTCTCTTATACACATCTGACGCTGC11.0416666666666665No Hit
ACACATCTTGCACTCCATAGGCTGTCTCTTATACACATCTGACGCTGCCG11.0416666666666665No Hit
TAATCCATGCAGCCCCCCATAGGCTGTCTCTTATACACATCTGACGCTGC11.0416666666666665No Hit
TGTGTGCAGCAGCCCATAGGCTGTCTCTTATACACATCTGACGCTGCCGA11.0416666666666665No Hit
CACTCTTTCCCTACACGACGCTCTTCCGATCTATTGGATGCTGCGCCCCG11.0416666666666665Illumina Single End PCR Primer 1 (100% over 32bp)
TGCGGCGACCCGCAGGCCGTCCCTTCTACACATCTGACGCTGCCGCCGAA11.0416666666666665No Hit
TTCCATAGGCTGTCTCTTATACACATCTGACTCTGCCGACGAATATGGAG11.0416666666666665No Hit
AGCAGCGCTCCATAGGCTGTCTCTTATACACATCTGACGCTGCCGACGAA11.0416666666666665No Hit
CCTGTTGGCTGTCTCTGATACCCATCCTCAGCTTCCGTAGAATACGGAGG11.0416666666666665No Hit
ACTCTTTCCCTACACGACGCTCTTCCGATCTGCAGCGACCCATAGGCTGT11.0416666666666665Illumina Single End PCR Primer 1 (100% over 31bp)
ATAATCCATGCAGCCTCCCGTAGGCTGTCTCTTATACACATCTGACGCTG11.0416666666666665No Hit
CCTGCCTGCTCGGCACGCGTGCGTGCCCGGTTTTCAGGTCTCTGCCAGAA11.0416666666666665No Hit
AGCTGCATTCCATAGGCTGTCTCTTATACACATCTGACGCTGCCGACGAA11.0416666666666665No Hit
AATCCATGCAGCCCCCCATAGGCTGTCTCTTATACACATCTGACGCTGCC11.0416666666666665No Hit
CATGCATGCCTGCCACGCTTGCGGGCCTGAGCGTCAGTACTCGACCAGAA11.0416666666666665No Hit
TGCAGCATTCCGTAGGCTGTCTCTTATACACATCTGACGCTGCCGACGAA11.0416666666666665No Hit
ACACATCTGACGCTGCCGACGATGCTGCCTCCCATAGGCTGTCTCTTATA11.0416666666666665No Hit
GGCTTGCTTACGCAGCCGTCCATAGGCTGTCTCTTATACACATCTGACGC11.0416666666666665No Hit
ATCCATAGCCTGTCTCTTATACACGTCTGAAGCTGCCGACGAAGATGGAA11.0416666666666665No Hit
ATCTCCATTTTGCTGCAATCCATAGGCTGCTCTTATACACATCTGACGCT11.0416666666666665No Hit
AATCCATGCTGCGATCCGTAGGCTGTCTCTTATACACATCTGACGCTGCC11.0416666666666665No Hit
GTCCATAGGCTGTCTCTTATACACATCTGACGCTGCCGACGAATATGGAG11.0416666666666665No Hit
TGCAGCGATCCGCAGGCTGTCTCTTATACACATCTGACGCTGCCGACGAA11.0416666666666665No Hit
CCGTAGGGTGTCTCTTATACACATCTGTCGCTGCCGACGAATATGGAGGT11.0416666666666665No Hit

[FAIL]Adapter Content

Adapter graph

[FAIL]Kmer Content

Kmer graph

SequenceCountPValueObs/Exp MaxMax Obs/Exp Position
GGCTGTC50.0226.08
CGTAGGC50.0226.04
CCGTAGG50.0226.03
GCTGTCT50.0226.09
AGGCTGT50.0226.07
GTAGGCT50.0226.05
TCCGTAG50.0226.02
ATCCGTA50.0226.01
TAGGCTG50.0226.06